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基于SNP标记的青海湖裸鲤遗传多样性及种群结构研究

罗慧 方弟安 何苗 毛成诚 匡箴 祁洪芳 徐东坡

罗慧, 方弟安, 何苗, 毛成诚, 匡箴, 祁洪芳, 徐东坡. 基于SNP标记的青海湖裸鲤遗传多样性及种群结构研究[J]. 南方水产科学. doi: 10.12131/20220091
引用本文: 罗慧, 方弟安, 何苗, 毛成诚, 匡箴, 祁洪芳, 徐东坡. 基于SNP标记的青海湖裸鲤遗传多样性及种群结构研究[J]. 南方水产科学. doi: 10.12131/20220091
LUO Hui, FANG Di'an, HE Miao, MAO Chengcheng, KUANG Zhen, QI Hongfang, XU Dongpo. Genetic diversity and population structure of Gymnocypris przewalskii based on SNP markers[J]. South China Fisheries Science. doi: 10.12131/20220091
Citation: LUO Hui, FANG Di'an, HE Miao, MAO Chengcheng, KUANG Zhen, QI Hongfang, XU Dongpo. Genetic diversity and population structure of Gymnocypris przewalskii based on SNP markers[J]. South China Fisheries Science. doi: 10.12131/20220091

基于SNP标记的青海湖裸鲤遗传多样性及种群结构研究

doi: 10.12131/20220091
基金项目: 国家重点研发计划项目 (2019YFD0900604);西北地区重点水域渔业资源与环境调查专项青海湖渔业资源与环境调查(XB2019-2021);中国水产科学研究院基本科研业务费项目 (2020TD61)
详细信息
    作者简介:

    罗慧:罗 慧 (1998—),女,硕士研究生,研究方向为渔业资源。E-mail: 673131080@qq.com

    通讯作者:

    方弟安 (1978—),男,研究员,博士,研究方向为渔业资源。E-mail: fangda@ffrc.cn

  • 中图分类号: S 932

Genetic diversity and population structure of Gymnocypris przewalskii based on SNP markers

  • 摘要: 为探究青海湖裸鲤 (Gymnocypris przewalskii) 的种质资源现状,为该物种保护措施的制定提供参考依据。首次利用基因分型技术 (Genotyping-by-sequencing, GBS),对青海湖水域的6个地理群体共72尾青海湖裸鲤进行单核苷酸多态性 (Single nucleotide polymorphism, SNP) 标记开发和遗传特征分析。共检测出1 600 061个SNP位点,质控后筛选出45 266个高质量的SNP位点用于遗传分析,发现核苷酸多样性 (Pi) 为0.317 0~0.327 4,观测杂合度 (Ho) 和期望杂合度 (He) 分别为0.459 4~0.482 3和0.336 7~0.344 4。6个地理群体的遗传距离 (D) 为0.018 4~0.023 3,两两群体的遗传分化系数 (Fst) 均不显著 (P>0.05)。分子方差分析 (Analysis of molecular variances, AMOVA) 显示102.37%以上的遗传变异来自群体内;群体遗传结构和系统发育进化树分析均显示6个群体属于一个集群,具有遗传同质性;而主成分判别分析 (Discriminant analysis of principal components, DAPC)表明哈尔盖河、黑马河和沙柳河群体相互交叉聚类,其余3个地理群体分别聚类。综上,6个青海湖裸鲤群体的Ho均大于He,种群结构单一。
  • 图  1  青海湖裸鲤采样地点图

    Figure  1.  Sampling site of G. przewalskii

    图  2  青海湖裸鲤样品聚类结果

    Figure  2.  Clustering results of G. przewalskii samples

    图  3  ADMIXTURE 交叉验证K值曲线图

    Figure  3.  ADMIXTURE cross-validation K value plot

    图  4  6个青海湖裸鲤群体的系统进化树

    Figure  4.  Phylogenetic tree of six G. przewalskii populations

    图  5  DAPC最优主成分数目的a-score优化

    Figure  5.  DAPC a-score optimization of number of retained PCs

    图  6  DAPC聚类图

    Figure  6.  Plots of DAPC clusters

    表  1  青海湖裸鲤的样品采集信息

    Table  1.   Sample information of G. przewalskii

    采集地点
    Sampling site
    经纬度
    Latitude and longitude
    数量
    Sample size/尾
    取样部位
    Sampling part
    布哈河 BHH 99°74′E, 37°04′N 12 尾鳍
    哈尔盖河 HEG 100°48′E, 37°22′N 12 尾鳍
    黑马河 HMH 99°77′E, 36°73′N 12 尾鳍
    泉吉河 QJH 99°89′E, 37°24′N 12 尾鳍
    沙柳河 SLH 100°18′E, 37°24′N 12 尾鳍
    一郎剑 YLJ 100°40′E, 36°70′N 12 尾鳍
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    表  2  GBS测序数据统计

    Table  2.   Data statistics after genotyping by sequencing

    样品
    Sample
    原始数据量
    Raw base/bp
    有效测序数量
    Clean base/bp
    Q20/%Q30/%比对率
    Ratio/%
    覆盖度
    Cover/%
    GC/%
    BHH011 389 577 9201 360 512 53497.2092.2472.3841.8639.43
    BHH021 927 663 0641 910 163 82697.0091.7371.7144.4539.28
    BHH031 355 388 8641 330 014 56497.2392.2972.4041.6339.38
    BHH041 854 567 9961 840 004 20697.1492.0868.3444.9639.35
    BHH052 265 476 5202 228 411 78697.2492.3374.3044.3639.34
    BHH061 602 581 3281 578 477 05697.1692.1472.7243.7239.33
    BHH071 493 156 1281 486 185 01496.5690.6568.2941.8839.62
    BHH083 625 787 1043 582 205 35896.7891.1969.3247.8539.82
    BHH094 188 671 6964 152 405 78896.7091.0366.8849.4039.92
    BHH103 783 676 3363 743 104 23496.8391.2969.9648.1839.83
    BHH112 886 390 5482 857 277 33096.8291.2669.6748.1339.83
    BHH122 436 548 1802 404 222 59096.8691.3671.2345.7339.80
    HEG014 452 147 0164 387 873 46696.4990.4671.0750.5439.53
    HEG023 773 555 1443 725 723 13096.4490.3470.1748.0739.55
    HEG034 206 118 1004 143 796 87096.4590.3971.5948.2039.51
    HEG045 078 768 0245 001 034 01496.4790.4271.6649.8139.56
    HEG051 153 394 7161 139 883 59096.5490.6173.6139.8439.45
    HEG064 843 459 5404 792 194 09896.4390.3773.0148.9639.54
    HEG071 501 577 8641 481 599 17097.2692.3674.2140.6539.47
    HEG082 693 727 5042 657 441 74697.3192.4676.1944.3939.39
    HEG091 194 213 7521 168 489 59697.3192.3976.9938.4339.40
    HEG101 372 619 1441 339 243 54696.8991.5072.8240.6039.33
    HEG113 088 083 6563 050 778 98497.1192.0274.1045.9739.42
    HEG121 619 334 2041 585 556 64297.1692.1475.7741.5239.28
    HMH011 232 127 7521 200 318 50497.0291.8371.5640.2839.22
    HMH023 026 290 6522 985 218 18097.2392.3173.9844.9639.25
    HMH031 399 119 4681 372 569 88897.2792.4173.4641.0539.17
    HMH041 970 927 0561 921 307 06097.2892.3973.2443.1239.30
    HMH052 647 884 5082 596 362 03097.2392.3074.4444.4339.30
    HMH061 708 154 3521 660 462 32097.2992.4473.0641.9639.26
    HMH074 025 817 8603 985 350 08497.6993.2870.0948.7138.17
    HMH085 205 970 4885 117 137 47096.6590.8973.8148.9839.20
    HMH094 940 601 4564 863 779 83296.6590.9175.2848.0839.24
    HMH101 963 437 6921 945 709 62496.6090.7673.0343.0339.22
    HMH111 666 515 6921 642 075 53296.5590.6772.5441.3939.09
    HMH124 347 827 0004 286 730 93896.5690.6971.4048.8939.35
    QJH015 147 123 4165 090 638 92896.3290.0970.1755.2339.50
    QJH023 584 795 6803 565 628 06895.9589.3766.8849.5539.44
    QJH036 454 315 4926 410 786 70495.9589.3571.1251.5639.43
    QJH043 914 473 9563 894 271 39095.8789.2267.0948.6839.41
    QJH055 765 227 2645 711 763 20896.4190.3673.9160.4339.40
    QJH061 578 283 7081 552 126 28696.4190.2474.8950.1239.39
    QJH071 396 840 0841 358 462 20096.8591.5372.0647.1139.26
    QJH082 275 133 9402 251 308 68697.0191.9070.4452.5639.29
    QJH091 340 744 9721 315 726 23897.1392.1774.6741.0139.25
    QJH102 048 956 0562 009 990 56897.0992.0571.8444.2639.38
    QJH112 092 240 2122 061 253 44697.0491.9571.6545.2539.40
    QJH122 039 776 8921 992 244 37497.1392.1672.7344.7039.35
    SLH017 040 469 0566 945 862 13096.6590.8170.8752.3439.45
    SLH024 498 263 2204 427 530 46896.6990.8971.7149.5739.50
    SLH035 164 724 6005 075 426 94896.6690.8671.1450.7939.57
    SLH041 272 379 6401 259 999 05296.6390.7473.4239.6639.41
    SLH051 050 489 0201 032 232 47696.5990.6773.0837.9839.22
    SLH062 360 256 1242 322 023 50096.6390.7572.6844.1739.56
    SLH072 787 269 1522 752 924 19297.2692.3471.9045.1839.52
    SLH081 659 152 7081 635 202 02497.2292.2470.6742.1339.55
    SLH091 974 618 4881 936 922 80697.1692.1668.6343.3939.57
    SLH101 434 149 7321 414 000 87897.2092.2067.8442.3739.50
    SLH111 465 104 3121 452 041 07697.1392.1267.8042.8939.64
    SLH121 593 403 5841 565 068 85096.4490.5973.7941.9039.02
    YLJ011 458 951 1681 441 355 13297.1492.1271.9141.6839.51
    YLJ021 933 206 7441 917 865 93097.1492.1767.4744.9839.14
    YLJ033 128 604 2083 093 206 58097.1492.2172.6147.0939.06
    YLJ041 343 484 7201 316 565 17497.2492.3276.2340.0938.99
    YLJ051 588 695 4321 551 573 18097.0791.9372.3742.4738.97
    YLJ063 330 149 3523 289 825 75097.2592.3470.4647.5839.00
    YLJ071 873 001 8681 844 675 48497.3092.4772.2743.9439.03
    YLJ082 175 175 8802 142 504 82296.3990.4671.8144.8439.17
    YLJ093 172 296 1883 134 366 41896.3390.3472.6047.3639.14
    YLJ102 801 743 4962 774 569 03296.3490.3769.6647.2839.06
    YLJ112 270 060 8482 236 343 77896.4790.6372.9944.7439.09
    YLJ122 007 127 4001 987 101 01496.3490.3871.4644.2639.08
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    表  3  青海湖裸鲤遗传多样性分析

    Table  3.   Genetic diversity of G. przewalskii

    群体   
    Population   
    观测杂合度
    Ho
    观测纯合度
    OH
    期望杂合度
    He
    期望纯合度
    EH
    核苷酸多样性
    Pi
    布哈河 BHH 0.459 8 0.540 2 0.337 3 0.662 7 0.317 2
    哈尔盖河 HEG 0.468 6 0.531 4 0.342 1 0.657 9 0.321 7
    黑马河 HMH 0.466 1 0.533 9 0.340 0 0.660 0 0.320 5
    泉吉河 QJH 0.482 3 0.517 7 0.344 4 0.655 6 0.327 4
    沙柳河 SLH 0.465 8 0.534 2 0.343 3 0.656 8 0.318 1
    一郎剑 YLJ 0.459 4 0.540 6 0.336 7 0.663 3 0.317 0
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    表  4  青海湖裸鲤的遗传距离和遗传分化系数表

    Table  4.   Genetic differentiation and distance of G. przewalskii

    群体 Population     BHHHEGHMHQJHSLHYLJ
    布哈河 BHH 0.022 8 0.022 7 0.019 1 0.023 2 0.023 3
    哈尔盖河 HEG −0.021 7 0.021 9 0.018 6 0.022 6 0.022 7
    黑马河 HMH −0.022 3 −0.022 4 0.018 4 0.022 5 0.022 4
    泉吉河 QJH −0.021 5 −0.023 0 −0.023 0 0.019 2 0.019 3
    沙柳河 SLH −0.027 2 −0.025 7 −0.026 6 −0.029 8 0.023 2
    一郎剑 YLJ −0.021 4 −0.021 7 −0.022 4 −0.021 2 −0.027 0
    注:下三角为群体间遗传分化系数,上三角为群体间遗传距离。
    Note: The lower triangle is the genetic differentiation coefficient (Fst) between populations, and the upper triangle is the genetic distance (D) between populations.
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    表  5  6个青海湖裸鲤群体的分子变异分析 (AMOVA)

    Table  5.   Analysis of molecular variation (AMOVA) of six populations of G. przewalskii

    变异来源
    Source of variation
    自由度
    Degree of freedom
    平方和
    Sum of squares
    变异组分
    Variance components
    变异百分率
    Percentage of variation/%
    固定指数
    Fixation index
    群体间 Among population 5 13 287.29 −138.528 8Va −2.37 −0.023 7
    群体内 Within population 138 825 536.29 5 982.147 0Vb 102.37
    总计 Total 143 838 823.58 5 843.618 3
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出版历程
  • 收稿日期:  2022-04-02
  • 修回日期:  2022-05-23
  • 录用日期:  2022-07-17
  • 网络出版日期:  2022-11-22

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