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斑鳢基因组中微卫星分布特征及野生种群遗传结构分析

上官清 陈昆慈 刘海洋 欧密 罗青 王亚坤 徐晟云 赵建

上官清, 陈昆慈, 刘海洋, 欧密, 罗青, 王亚坤, 徐晟云, 赵建. 斑鳢基因组中微卫星分布特征及野生种群遗传结构分析[J]. 南方水产科学, 2020, 16(3): 47-60. doi: 10.12131/20190200
引用本文: 上官清, 陈昆慈, 刘海洋, 欧密, 罗青, 王亚坤, 徐晟云, 赵建. 斑鳢基因组中微卫星分布特征及野生种群遗传结构分析[J]. 南方水产科学, 2020, 16(3): 47-60. doi: 10.12131/20190200
Qing SHANGGUAN, Kunci CHEN, Haiyang LIU, Mi OU, Qing LUO, Yakun WANG, Shengyun XU, Jian ZHAO. Characteristics of micorsatellites and genetic structure of wild Channa maculata[J]. South China Fisheries Science, 2020, 16(3): 47-60. doi: 10.12131/20190200
Citation: Qing SHANGGUAN, Kunci CHEN, Haiyang LIU, Mi OU, Qing LUO, Yakun WANG, Shengyun XU, Jian ZHAO. Characteristics of micorsatellites and genetic structure of wild Channa maculata[J]. South China Fisheries Science, 2020, 16(3): 47-60. doi: 10.12131/20190200

斑鳢基因组中微卫星分布特征及野生种群遗传结构分析

doi: 10.12131/20190200
基金项目: 广州市科技计划项目珠江科技新星专项 (201710010174);现代农业产业技术体系建设专项资金 (CARS-46);中国水产科学研究院基本科研业务费专项(2020TD34;2019XT0601);广东省海洋渔业科技与产业发展专项 (A201501A08)
详细信息
    作者简介:

    上官清 (1992—),女,硕士研究生,研究方向为水产养殖。E-mail: 664948706@qq.com

    通讯作者:

    赵 建 (1982—),男,副研究员,从事水产种质资源与遗传育种研究。E-mail: zhaojian@prfri.ac.cn

  • 中图分类号: S 917.4

Characteristics of micorsatellites and genetic structure of wild Channa maculata

  • 摘要:

    斑鳢 (Channa maculata) 是华南地区的本土经济鱼类,也是杂交鳢的亲本之一。养殖个体逃逸可能会对野生种群产生影响,存在种质混杂的风险,亟须开展野生资源的遗传背景分析。该研究分析了斑鳢基因组中微卫星标记的分布特征,筛选获得20个多态性位点构建多重PCR体系,对广州、化州、江华、南宁、阳江和邵武6个野生群体的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果显示,6个野生群体各位点的等位基因 (Na) 为3~28、有效等位基因 (Ne) 为1.28~14.88、观测杂合度 (Ho) 为0.10~1.00、期望杂合度 (He) 为0.14~0.95以及多态信息含量 (PIC) 为0.13~0.95。UPGAM系统进化树结果显示,化州和福建种群遗传关系最近,化州和江华种群遗传关系最远。该研究结果将为斑鳢的遗传监测和亲缘关系鉴定提供技术支持,为斑鳢种质资源养护及管理提供参考。

  • 图  1  斑鳢各群体采样地点

    Figure  1.  Sampling sites of six C. maculata populations

    图  2  基因组中微卫星数量随碱基重复次数变化趋势

    Figure  2.  Variation curve of number of SSRs in genome with repeat times

    图  3  6个斑鳢群体的UPGMA聚类树图

    Figure  3.  UPGMA dendrogram of six C. maculata populations

    表  1  斑鳢采集位置及数量

    Table  1.   Sampling sites and quantity of C. maculata in this study

    群体编号
    Population No.
    采样地点
    Sampling site
    经纬度
    Coordinate
    所属江段 (水系)
    Water system
    样本数量
    Quantity of samples
    样本采集部位
    Tissue of samples
    1 广州 GZ 112.25°E,23.06°N 河口 (珠江) 29 鳍条
    2 化州 HZ 110.65°E,21.92°N 鉴江 30 鳍条
    3 江华 JH 111.58°E,26.43°N 湘江 35 鳍条
    4 南宁 NN 108.22°E,22.79°N 邕江 (珠江) 33 鳍条
    5 阳江 YJ 111.78°E,22.26°N 漠阳江 41 鳍条
    6 邵武 SW 117.49°E,27.34°N 闽江 28 鳍条
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    表  2  斑鳢基因组序列中不同重复单元微卫星分布情况

    Table  2.   Distribution of different types of SSR in genomic sequence

    单元碱基数
    Number of base
    重复类型
    Type of repeat
    SSR数目
    Number of SSR
    出现频率
    Frequency/%
    平均分布频率
    Average distribution frequency/kb
    1 2 187 962 49.76 3.34
    2 4 139 672 26.30 4.49
    3 10 20 272 14.26 20.27
    4 31 6 059 7.29 103.46
    5 66 1 094 2.40 573.01
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    表  3  斑鳢基因组序列中不同重复单元微卫星的出现频率

    Table  3.   Frequency of classified repeat types of SSR in genomic sequence of C. maculata

    重复单元
    Repeat unit
    重复次数 Repeat times合计
    Total
    567891011121314151617181920≥21
    A/T 47 951 30 595 20 655 15 009 11 498 9 085 7 334 5 685 4 358 3 348 2 714 2 201 328 141
    C/G 4 830 3 552 2 415 1 320 737 462 365 288 214 183 154 97 167 999
    AC/GT 22 654 13 182 9 847 8 188 7 081 6 526 6 013 5 537 4 869 4 257 3 276 2 581 2 468 2 182 1 635 1 455 153 757
    AG/CT 7 028 3 756 2 298 1 487 1 043 838 637 583 524 424 351 280 293 265 211 183 52 034
    AT/AT 2 594 1 476 884 608 461 265 231 206 160 95 99 60 42 21 16 18 31 836
    CG/CG 171 83 20 11 3 24 620
    AAC/GTT 1 261 599 314 200 132 84 50 21 25 11 11 5 6 2 3 3 24 463
    AAG/CTT 816 303 181 105 68 54 33 30 24 14 9 9 12 6 9 3 2 21 742
    AAT/ATT 2 464 1 134 652 424 357 297 239 231 198 148 125 80 53 50 34 38 22 20 065
    ACC/GGT 478 203 106 66 33 20 8 2 13 711
    ACG/CGT 22 12 4 1 1 12 850
    ACT/AGT 484 194 132 102 66 52 41 27 21 26 16 17 8 7 6 2 5 13 683
    AGC/CTG 1 119 530 294 183 118 68 41 25 15 9 10 4 2 1 1 1 1 12 485
    AGG/CCT 1 198 525 321 220 121 86 45 35 17 14 5 3 1 10 071
    ATC/ATG 754 438 261 181 103 63 46 27 19 13 10 6 6 4 7 496
    CCG/CGG 59 14 3 1 1 5 611
    AAAC/GTTT 569 257 120 41 24 3 9 4 3 2 1 1 1 2 1 5 643
    AAAG/CTTT 138 72 38 34 25 16 9 7 6 2 3 2 1 4 975
    AAAT/ATTT 896 315 102 35 9 4 3 1 1 3 4 624
    AACC/GGTT 21 9 5 1 1 3 260
    AACG/CGTT 1 3 288
    AACT/AGTT 38 13 6 8 1 3 2 2 1 3 315
    AAGC/CTTG 4 1 1 3 286
    AAGG/CCTT 30 18 7 4 3 289
    AAGT/ACTT 32 9 5 2 2 2 1 1 3 242
    AATC/ATTG 88 40 30 17 13 11 3 3 2 1 1 1 3 192
    AATG/ATTC 96 51 26 14 7 11 4 3 1 1 3 000
    AATT/AATT 43 11 9 1 1 2 797
    ACAG/CTGT 160 63 36 11 5 5 4 1 2 2 1 1 2 738
    ACAT/ATGT 152 81 52 29 17 9 12 6 5 3 3 2 1 1 2 2 458
    ACCC/GGGT 24 4 2 101
    ACCG/CGGT 3 2 076
    ACCT/AGGT 13 5 1 1 2 090
    ACGC/CGTG 73 35 12 2 3 1 3 1 1 2 071
    ACGG/CCGT 5 1 1 941
    ACGT/ACGT 1 1 938
    ACTC/AGTG 80 42 12 23 12 5 3 4 1 2 3 3 2 1 938
    ACTG/AGTC 25 14 9 2 1 1 1 1 1 1 751
    AGAT/ATCT 230 159 122 69 70 51 40 32 17 25 11 16 6 11 4 7 3 1 710
    AGCC/CTGG 3 1 2 1 1 852
    AGCG/CGCT 7 1 845
    AGCT/AGCT 14 2 853
    AGGC/CCTG 22 9 7 5 1 1 1 838
    AGGG/CCCT 65 33 10 1 1 892
    ATCC/ATGG 186 78 54 22 14 7 4 1 1 2 1 787
    ATCG/ATCG 1 1 429
    ATGC/ATGC 2 1 2 442
    AAAAC/GTTTT 47 17 1 474
    AAAAG/CTTTT 15 3 4 2 1 1 1 1 410
    AAAAT/ATTTT 35 6 3 1 404
    AAACC/GGTTT 5 2 2 361
    AAACT/AGTTT 7 3 1 1 353
    AAAGC/CTTTG 2 1 1 345
    AAAGG/CCTTT 7 5 1 2 2 1 658
    AAAGT/ACTTT 4 2 1 1 1 1 1 644
    AAATC/ATTTG 2 3 1 634
    AAATT/AATTT 8 1 2 631
    AACAC/GTGTT 7 8 1 1 1 632
    AACAG/CTGTT 3 623
    AACAT/ATGTT 9 3 4 1 637
    AACCC/GGGTT 1 621
    AACCT/AGGTT 1 621
    AACTG/AGTTC 3 621
    AACTT/AAGTT 1 622
    AAGAC/CTTGT 1 1 1 2 627
    AAGAG/CTCTT 8 1 1 2 1 1 623
    AAGAT/ATCTT 7 2 4 1 1 611
    AAGCC/CTTGG 1 598
    AAGCT/AGCTT 13 2 1 598
    AAGGT/ACCTT 1 602
    AAGTC/ACTTG 74 11 10 4 1 602
    AAGTG/ACTTC 3 2 506
    AATAC/ATTGT 9 1 2 503
    AATAG/ATTCT 5 3 4 3 492
    AATAT/ATATT 19 10 2 1 2 1 2 493
    AATCC/ATTGG 1 581
    AATCT/AGATT 15 3 1 1 1 1 583
    AATGC/ATTGC 1 1 564
    AATGG/ATTCC 1 563
    AATGT/ACATT 4 564
    AATTC/AATTG 241 56 9 6 2 2 1 561
    ACACC/GGTGT 2 1 1 246
    ACACG/CGTGT 1 245
    ACACT/AGTGT 2 1 245
    ACAGC/CTGTG 8 3 1 259
    ACAGG/CCTGT 4 3 1 1 251
    ACAGT/ACTGT 12 3 1 1 242
    ACATC/ATGTG 1 225
    ACATG/ATGTC 1 224
    ACCAG/CTGGT 1 223
    ACCAT/ATGGT 2 2 222
    ACCCC/GGGGT 5 1 218
    ACCGG/CCGGT 1 212
    ACCTC/AGGTG 1 1 211
    ACGAG/CGTCT 1 1 209
    ACGAT/ATCGT 1 207
    ACTAT/AGTAT 7 5 1 3 3 1 206
    ACTCC/AGTGG 1 186
    ACTCT/AGAGT 1 1 1 1 185
    ACTGC/AGTGC 2 181
    ACTGG/AGTCC 1 179
    AGAGC/CTCTG 13 3 178
    AGAGG/CCTCT 42 29 7 5 8 12 3 12 4 2 1 162
    AGATC/ATCTG 3 37
    AGATG/ATCTC 1 1 1 34
    AGCAT/ATGCT 1 31
    AGCCC/CTGGG 2 30
    AGCGG/CCGCT 1 28
    AGCTC/AGCTG 2 27
    AGGCC/CCTGG 1 2 25
    AGGGC/CCCTG 1 22
    AGGGG/CCCCT 12 2 2 1 21
    ATATC/ATATG 3 1 4
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    表  4  斑鳢微卫星位点相关信息

    Table  4.   Information of 20 microsatellite loci from C. maculata

    多重PCR
    Multiplex PCR
    位点
    Locus
    引物序列 (5'−3')
    Primer sequence
    简单重复单元
    Repeat motif
    退火温度
    Annealing temperature/℃
    荧光标记
    Fluorescent label
    Multiplex set 1 BCM83 F: TGAGAGATTTCCTGGGAGAATTA (ATA)33 60 FAM
    R: AACAGAACAAACACAGAAAAGGC
    BCM9 F: AACTGAACCTCATTCAGAACCAA (AC)32 61 PET
    R: CTATCACCCAGTAAACTGCATCC
    BCM94 F: TAAATTTAAATGCCACATGGGAG (AAAC)32 61 VIC
    R: GCAACCAAAAATGTAGGAGTCTG
    Multiplex set 2 BL-12 F: ACACCATAACAGTGACAA (TCTA)24 59 FAM
    R: GAGCAGAGTCAGTGTAGGTT
    BL-18 F: CCATACCTACCCAACCTG (GATA)25 59 PET
    R: CATCCTCATCCAGACCAT
    BL-19 F: ATCCATACCTACCCAACC (AGAT)22 60 VIC
    R: CATCCTCATCCAGACCAT
    Multiplex set 3 BCM90 F: ATATATTCCCATGCTGTTGTTGC (AC)32 61 FAM
    R: TTGTATTGTCAAAATTGTGTGCG
    BCM11 F: TGCAAAGCACGATAAGAACTACA (TAA)33 58 PET
    R: TATCAAAACTTGCTGCCAATAGC
    BL-4 F: AAAGAGGAGATTTCTGGAT (AGA)42 59 VIC
    R: CTGCCTGTTTGTCTGTCA
    Multiplex set 4 BCM97 F: CCCTCACTCTCTATCCAGTCCTT (AC)32 60 FAM
    R: GAGGGGAAATAGCCAGTGTAATG
    BL-24 F: TTGCCTTGTACTGACATT (TCTA)29 61 VIC
    R: CTCCCATAGTGCTCCGTG
    BL-33 F: TGACACTCACAGCCTCAG (ATCT)24 58 PET
    R: CACAACGTGGGATACAAT
    Multiplex set 5 BCM87 F: GTTTTTACCACAGCCAAAAACTG (GT)32 60 FAM
    R: CTGGAATACATTCGCTGTCTAGC
    BCM10 F: TTTGTTCTGGCAAACACTTTAGA (ATA)33 62 PET
    R: CTTTGGCCCAAGTAGTCATATTT
    Multiplex set 6 BCM95 F: CACATGCTCCCTATAGACAGTCC (AC)32 59 FAM
    R: TATGTGAGCCGGATGATAGAGTT
    BL-3 F: GATTGAACCACTCACCCT (GTA)40 61 PET
    R: GTAAGAAGCAGCATTGCA
    BL-21 F: TGACACTCACAGCCTCAG (ATCT)24 58 FAM
    R: CACAACGTGGGATACAAT
    Multiplex set 7 BCM91 F: CAAGAAGAAGACTGATACTGGGG (GT)32 59 FAM
    R: GATACAGGCATCCAAATTCTGAG
    BCM12 F: TGTAAAAGCAGCTATTCTTTGTTTC (TTA)33 60 PET
    R: CAACACTACCACCACCACAACTA
    BL-34 F: GGAAGAAGCTGTAAGAGG (AAAC)22 58 VIC
    R: AGTTGGCAATGGTGGAGA
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    表  5  6个斑鳢群体的多样性指数

    Table  5.   Genetic diversity indices of six C. maculata populations

    位点
    Locus
    指数
    Index
    群体 Population平均
    Total
    广州 GZ化州 HZ江华 JH南宁 NN阳江 YJ邵武 SW
    BCM83 Na 11 8 4 8 10 8 8.166 7
    Ne 4.380 2 4.054 1 1.389 7 3.716 7 6.502 9 5.351 5 4.232 5
    Ho 0.793 1 0.500 0 0.028 6 0.697 0 0.829 3 0.392 9 0.540 2
    He 0.785 2 0.766 1 0.284 5 0.742 2 0.856 7 0.827 9 0.710 4
    PIC 0.741 0 0.719 0 0.267 0 0.692 0 0.828 0 0.789 0 0.672 7
    HWE 0.000 0 0.056 9 0.000 0 0.402 3 0.000 0 0.000 0
    BCM9 Na 5 13 8 15 9 8 9.666 7
    Ne 2.248 7 7.058 8 3.319 8 8.126 9 2.333 1 4.639 1 4.621 1
    Ho 0.551 7 0.633 3 0.057 1 0.666 7 0.487 8 0.250 0 0.441 1
    He 0.565 0 0.872 9 0.708 9 0.890 4 0.578 4 0.798 7 0.735 7
    PIC 0.524 0 0.844 0 0.655 0 0.866 0 0.550 0 0.751 0 0.698 3
    HWE 0.000 0 0.034 6 0.000 0 0.002 0 0.000 0 0.000 0
    BL-12 Na 8 17 8 9 21 11 12.333 3
    Ne 2.624 0 13.235 3 2.608 4 3.882 4 11.940 3 7.009 6 6.883 3
    Ho 0.413 8 0.633 3 0.484 8 0.818 2 0.850 0 0.555 6 0.626 0
    He 0.629 8 0.940 1 0.626 1 0.753 8 0.927 8 0.873 5 0.791 9
    PIC 0.580 0 0.919 0 0.552 0 0.715 0 0.911 0 0.843 0 0.753 3
    HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.231 8 0.000 0 0.000 0
    BL-18 Na 6 15 4 11 14 12 10.333 3
    Ne 4.805 7 9.556 8 2.688 9 3.067 6 7.837 3 8.615 4 6.095 3
    Ho 0.965 5 0.724 1 0.787 9 0.606 1 0.764 7 0.321 4 0.695 0
    He 0.805 8 0.911 1 0.637 8 0.684 4 0.885 4 0.900 0 0.804 1
    PIC 0.760 0 0.887 0 0.555 0 0.656 0 0.860 0 0.873 0 0.765 2
    HWE 0.005 8 0.000 0 0.000 0 0.000 1 0.000 0 0.000 0
    BL-19 Na 6 16 4 11 16 12 10.833 3
    Ne 4.805 7 9.523 8 2.688 9 3.071 9 7.305 9 8.209 4 5.934 3
    Ho 0.965 5 0.666 7 0.787 9 0.575 8 0.700 0 0.285 7 0.663 6
    He 0.805 8 0.910 2 0.637 8 0.684 8 0.874 1 0.894 2 0.801 2
    PIC 0.760 0 0.887 0 0.555 0 0.657 0 0.850 0 0.867 0 0.762 7
    HWE 0.005 8 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0
    BCM90 Na 4 9 5 6 6 6 6.000 0
    Ne 2.345 9 5.056 2 2.411 4 1.716 7 2.614 3 3.359 4 2.917 3
    Ho 0.586 2 0.766 7 0.514 3 0.375 0 0.487 8 0.703 7 0.572 3
    He 0.583 8 0.815 8 0.593 8 0.424 1 0.625 1 0.715 6 0.626 4
    PIC 0.484 0 0.775 0 0.535 0 0.395 0 0.549 0 0.655 0 0.565 5
    HWE 0.364 7 0.245 4 0.000 0 0.001 7 0.506 0 0.616 0
    BCM11 Na 9 16 8 14 14 18 13.166 7
    Ne 7.218 9 11.612 9 1.354 3 7.920 0 6.146 3 9.467 5 7.286 7
    Ho 0.931 0 0.866 7 0.142 9 0.969 7 0.926 8 0.888 9 0.787 7
    He 0.876 6 0.929 4 0.265 4 0.887 2 0.847 6 0.911 3 0.786 3
    PIC 0.846 0 0.907 0 0.256 0 0.862 0 0.819 0 0.886 0 0.762 7
    HWE 0.002 5 0.296 9 0.000 0 0.931 0 0.000 0 0.478 9
    BL-4 Na 9 24 11 22 28 17 18.500 0
    Ne 3.706 9 15.929 2 7.538 5 13.212 9 9.261 7 12.255 3 10.317 4
    Ho 0.428 6 0.533 3 0.142 9 0.593 8 0.463 4 0.333 3 0.415 9
    He 0.743 5 0.953 1 0.899 5 0.939 0 0.903 0 0.937 9 0.896 0
    PIC 0.706 0 0.942 0 0.855 0 0.947 0 0.887 0 0.913 0 0.875 0
    HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0
    BCM97 Na 6 9 5 7 11 9 7.833 3
    Ne 3.985 8 4.663 2 1.284 2 2.722 5 5.766 7 5.444 4 3.977 8
    Ho 1.000 0 0.633 3 0.151 5 0.575 8 0.829 3 0.857 1 0.674 5
    He 0.762 3 0.798 9 0.224 7 0.642 4 0.836 8 0.831 2 0.682 7
    PIC 0.714 0 0.762 0 0.211 0 0.573 0 0.809 0 0.792 0 0.643 5
    HWE 0.000 1 0.197 4 0.000 0 0.000 0 0.011 9 0.108 5
    BL-24 Na 10 16 5 12 14 8 10.833 3
    Ne 4.792 0 9.045 2 1.976 8 9.151 3 5.520 2 5.807 4 6.048 8
    Ho 0.724 1 0.500 0 0.000 0 0.848 5 0.702 7 0.321 4 0.516 1
    He 0.805 2 0.904 5 0.502 0 0.904 4 0.830 1 0.842 9 0.798 2
    PIC 0.763 0 0.880 0 0.462 0 0.881 0 0.804 0 0.805 0 0.765 8
    HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.215 7 0.000 0 0.000 0
    BL-33 Na 8 21 8 11 14 16 13.000 0
    Ne 4.847 3 14.754 1 2.927 1 2.773 4 3.705 2 8.166 7 6.195 6
    Ho 0.689 7 0.700 0 0.428 6 0.322 6 0.435 9 0.607 1 0.530 7
    He 0.807 6 0.948 0 0.667 9 0.649 9 0.739 6 0.893 5 0.784 4
    PIC 0.765 0 0.928 0 0.622 0 0.623 0 0.693 0 0.867 0 0.749 7
    HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.003 1
    BCM87 Na 8 9 5 9 10 9 8.333 3
    Ne 4.072 6 4.422 6 1.436 1 4.204 6 5.345 0 5.333 3 4.135 7
    Ho 0.724 1 0.466 7 0.000 0 0.606 1 0.829 3 0.535 7 0.527 0
    He 0.767 7 0.787 0 0.308 1 0.773 9 0.822 9 0.827 3 0.714 5
    PIC 0.725 0 0.750 0 0.290 0 0.732 0 0.791 0 0.788 0 0.679 3
    HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 1 0.000 0 0.000 0
    BCM10 Na 6 17 9 12 15 10 11.500 0
    Ne 3.689 4 10.526 3 4.702 5 5.613 4 9.391 1 6.400 0 6.720 5
    Ho 0.714 3 0.700 0 0.600 0 0.697 0 0.634 1 0.250 0 0.599 2
    He 0.742 2 0.920 3 0.798 8 0.834 5 0.904 5 0.859 1 0.843 2
    PIC 0.680 0 0.898 0 0.758 0 0.804 0 0.884 0 0.825 0 0.808 2
    HWE 0.000 0 0.000 1 0.000 0 0.015 6 0.000 0 0.000 0
    BCM95 Na 9 21 8 14 13 15 13.333 3
    Ne 5.339 7 13.235 3 2.110 2 11.000 0 6.331 5 7.466 7 7.580 6
    Ho 0.724 1 0.633 3 0.200 0 0.757 6 0.756 1 0.607 1 0.613 0
    He 0.827 0 0.940 1 0.533 7 0.923 1 0.852 5 0.881 8 0.826 4
    PIC 0.789 0 0.920 0 0.505 0 0.902 0 0.825 0 0.853 0 0.799 0
    HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.029 9 0.000 0 0.000 0
    BL-3 Na 9 14 10 19 18 14 14.000 0
    Ne 3.112 8 10.055 2 1.784 4 14.222 2 10.568 8 9.49 02 8.205 6
    Ho 0.150 0 0.333 3 0.171 4 0.458 3 0.208 3 0.409 1 0.288 4
    He 0.696 2 0.917 5 0.446 0 0.949 5 0.924 6 0.915 4 0.808 2
    PIC 0.653 0 0.892 0 0.430 0 0.925 0 0.898 0 0.886 0 0.780 7
    HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0
    BL-21 Na 11 21 7 11 15 17 13.666 7
    Ne 5.360 3 14.876 0 2.822 6 2.998 2 4.224 1 9.286 6 6.594 6
    Ho 0.629 6 0.666 7 0.514 3 0.275 9 0.542 9 0.925 9 0.592 6
    He 0.828 8 0.948 6 0.655 1 0.678 2 0.774 3 0.909 2 0.799 0
    PIC 0.791 0 0.929 0 0.602 0 0.648 0 0.737 0 0.883 0 0.765 0
    HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.120 0
    BCM91 Na 8 6 3 8 8 7 6.666 7
    Ne 1.783 7 2.125 1 1.155 1 2.550 4 3.379 1 4.215 1 2.534 8
    Ho 0.103 4 0.333 3 0.028 6 0.363 6 0.450 0 0.107 1 0.231 0
    He 0.447 1 0.538 4 0.136 2 0.617 2 0.713 0 0.776 6 0.538 1
    PIC 0.427 0 0.506 0 0.128 0 0.567 0 0.654 0 0.733 0 0.502 5
    HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0
    BCM12 Na 11 21 7 11 15 17 13.666 7
    Ne 5.360 3 14.876 0 2.822 6 2.998 2 4.224 1 9.286 6 6.594 6
    Ho 0.629 6 0.666 7 0.514 3 0.275 9 0.542 9 0.925 9 0.592 6
    He 0.828 8 0.948 6 0.655 1 0.678 2 0.774 3 0.909 2 0.799 0
    PIC 0.791 0 0.929 0 0.602 0 0.648 0 0.737 0 0.883 0 0.765 0
    HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.120 0
    BL-34 Na 6 11 5 8 11 8 8.166 7
    Ne 2.805 0 7.409 7 1.407 2 6.135 2 6.387 2 5.695 3 4.9733
    Ho 0.892 9 0.689 7 0.029 4 0.787 9 0.800 0 0.259 3 0.576 5
    He 0.655 2 0.880 2 0.293 7 0.849 9 0.854 1 0.840 0 0.728 9
    PIC 0.576 0 0.850 0 0.278 0 0.817 0 0.827 0 0.802 0 0.691 7
    HWE 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.087 2 0.000 0 0.000 0
    BCM94 Na 3 12 4 5 7 3 5.666 7
    Ne 2.326 4 6.766 9 2.117 5 2.472 2 4.650 1 2.217 8 3.425 2
    Ho 0.620 7 0.633 3 0.171 4 0.333 3 0.634 1 0.107 1 0.416 7
    He 0.580 2 0.866 7 0.535 4 0.604 7 0.794 6 0.559 1 0.656 8
    PIC 0.507 0 0.837 0 0.492 0 0.545 0 0.754 0 0.475 0 0.601 7
    HWE 0.006 0 0.005 6 0.000 0 0.000 0 0.000 9 0.000 0
    注:Na. 等位基因;Ne. 有效等位基因;Ho. 观测杂合度;He. 期望杂合度;PIC. 多态信息含量;HWE. Hardy-Weinberg平衡偏离常数 Note: Na. Number of alleles; Ne. Effective number of alleles; Ho. Observed heterozygosity; He. Expected heterozygosity; PIC. Polymorphism Information Content; HWE. Hardy-Weinberg
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    表  6  6个斑鳢群体间的遗传距离

    Table  6.   Genetic distance among six C. maculata populations

    群体
    Population
    广州
    GZ
    化州
    HZ
    江华
    JH
    南宁
    NN
    阳江
    YJ
    邵武
    SW
    广州 GZ
    化州 HZ 0.117 69
    江华 JH 0.476 72 0.268 98
    南宁 NN 0.153 89 0.079 37 0.402 79
    阳江 YJ 0.120 51 0.067 34 0.361 52 0.106 18
    邵武 SW 0.154 59 0.065 88 0.399 60 0.114 65 0.066 38
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    表  7  6个斑鳢群体的遗传分化系数 (FST,对角线下) 和基因流 (Nm,对角线上)

    Table  7.   Gene differentiation (FST, above the diagonal) and gene flow indices (Nm, below the diagonal) among six C. maculata populations

    群体
    Population
    广州
    GZ
    化州
    HZ
    江华
    JH
    南宁
    NN
    阳江
    YJ
    邵武
    SW
    广州 GZ 2.124 4 0.524 4 1.624 5 2.074 5 1.617 2
    化州 HZ 0.105 3 0.929 4 3.150 0 3.712 6 3.794 7
    江华 JH 0.322 8 0.212 0 0.620 7 0.691 5 0.625 6
    南宁 NN 0.133 4 0.073 5 0.287 1 2.354 7 2.180 7
    阳江 YJ 0.107 6 0.063 1 0.265 5 0.096 0 3.766 1
    邵武 SW 0.133 9 0.061 8 0.285 5 0.102 9 0.062 3
    注:Nm=0.25 (1−FST)/FST,下表同此 Note: The same below
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    表  8  6个斑鳢群体的AMOVA分析

    Table  8.   Analysis on molecular variance (AMOVA) of six C. maculata populations

    变异来源
    Source of variation
    平方和
    Sum of squares
    变异组分
    Variance component
    变异百分比
    Variation percentage/
    %
    群体间 Among populations 460.645 1.347 32 15.18
    群体内 Within populations 2 796.240 7.529 68 84.82
    合计 Total 3 256.884 8.877 00
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出版历程
  • 收稿日期:  2019-10-11
  • 修回日期:  2019-12-12
  • 录用日期:  2020-01-10
  • 刊出日期:  2020-06-05

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